鄰近連接法

鄰近連接法（英文：neighbor-joining method；又稱 NJ 法），生物資訊學術語，是一種用於構建系統發生樹（演化樹）的快速聚類方法，由日本遺傳學家齋藤成也（平文式羅馬字：Saitou Naruya）和日裔美國生物學家根井正利（Nei Masatoshi）二人在1987年創立^[2]。使用鄰近連接法構建演化樹時，通常需要基於 DNA 序列或蛋白質數據，以此了解每對分類單元之間的距離，通過確定距離最近（或相鄰）的成對分類單元使演化樹的總距離達到最小，循環地將相鄰點合併成新的點，最終形成完整的樹型^[3]^[4]。

鄰近連接法不需要關於分子鐘的假設，不考慮任何優化標準，基本思想是進行類的合併時，不僅要求待合併的類是相近的，而且要求待合併的類遠離其他的類，從而通過對完全沒有解析出的星型演化樹進行分解，來不斷改善星型演化樹^[5]。

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參考文獻

^ モンゴロイドの形成. 九州大學総合研究博物館（日語：九州大学総合研究博物館）. （日語）
^ Saitou, N. & Nei, M. The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees. Molecular Biology and Evolution（英語：Molecular Biology and Evolution）. 1987-07-01, 4 (4): 406–425 [2020-09-19]. PMID 3447015. doi:10.1093/oxfordjournals.molbev.a040454 . 原始內容存檔於2014-12-25.
^ Didelot, Xavier. "Sequence-Based Analysis of Bacterial Population Structures". Robinson, D. Ashley; Falush, Daniel & Feil, Edward J (編). Bacterial Population Genetics in Infectious Disease. Hoboken, NJ: John Wiley and Sons. 2010: 46–47 [2021-07-02]. ISBN 978-0-470-42474-2. （原始內容存檔於2021-07-25）.
^ 第二屆植物學名詞審定委員會 (編). 植物学名词 (2版). 北京: 科學出版社. 2019 [2021-10-23]. ISBN 978-7-03-062178-8. （原始內容存檔於2021-10-23）. （簡體中文）
^ 古生物學名詞審定委員會 (編). 古生物学名词 (2版). 北京: 科學出版社. 2009 [2021-10-23]. ISBN 978-7-03-025433-7. （原始內容存檔於2021-10-23）. （簡體中文）

外部連結

鄰近連接法運用教程（頁面存檔備份，存於互聯網檔案館）

[1] モンゴロイドの形成. 九州大學総合研究博物館（日語：九州大学総合研究博物館）. （日語）

[Saitou-2] Saitou, N. & Nei, M. The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees. Molecular Biology and Evolution（英語：Molecular Biology and Evolution）. 1987-07-01, 4 (4): 406–425 [2020-09-19]. PMID 3447015. doi:10.1093/oxfordjournals.molbev.a040454 . 原始內容存檔於2014-12-25.

[Didelot-3] Didelot, Xavier. "Sequence-Based Analysis of Bacterial Population Structures". Robinson, D. Ashley; Falush, Daniel & Feil, Edward J (編). Bacterial Population Genetics in Infectious Disease. Hoboken, NJ: John Wiley and Sons. 2010: 46–47 [2021-07-02]. ISBN 978-0-470-42474-2. （原始內容存檔於2021-07-25）.

[植物学名词-4] 第二屆植物學名詞審定委員會 (編). 植物学名词 (2版). 北京: 科學出版社. 2019 [2021-10-23]. ISBN 978-7-03-062178-8. （原始內容存檔於2021-10-23）. （簡體中文）

[古生物学名词-5] 古生物學名詞審定委員會 (編). 古生物学名词 (2版). 北京: 科學出版社. 2009 [2021-10-23]. ISBN 978-7-03-025433-7. （原始內容存檔於2021-10-23）. （簡體中文）

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閱論編系統發生學
相關領域	計算系統發生學（英語：Computational phylogenetics）分子系統發生學支序系統學生物分類學系統分類學演化分類學（英語：Evolutionary taxonomy）
基本概念	系統發生（分支發生（英語：Cladogenesis））系統發生樹（支序圖）演化網絡長枝吸引效應演化支和演化級（英語：Evolutionary grade）譜系（英語：Lineage (evolution)）（幽靈譜系（英語：Ghost lineage））幽靈種群（英語：Ghost population）
推理方法	最大簡約法機率法（最大似然估計貝葉斯法）距離矩陣法（英語：Distance matrices in phylogeny）（鄰近連接法不加權算術平均連鎖法（英語：UPGMA）最小二乘法（英語：Least squares inference in phylogeny））三元分析（英語：Three-taxon analysis）系統發生包圍法（英語：Phylogenetic bracketing）系統發生和解（英語：Phylogenetic reconciliation）
前沿課題	生物譜系命名法（英語：Phylogenetic nomenclature）（《國際系統發生命名法規（英語：PhyloCode）》） DNA 條碼系統發生比較方法（英語：Phylogenetic comparative methods）系統發生生態位保守性（英語：Phylogenetic niche conservatism）系統發生信號（英語：Phylogenetic signal）系統發生軟件（英語：List of phylogenetics software）系統發生基因組學（英語：Phylogenomics）親緣地理學
類群特徵	原始特徵（英語：Primitive (phylogenetics)）（祖徵／共有祖徵（英語：Plesiomorphy and symplesiomorphy））衍生特徵（衍徵／共有衍徵自有衍徵（英語：Autapomorphy））
類群性質	單系群並系群多系群（複系群）
其他術語	冠群／幹群／泛群（總群）姊妹群（姐妹群）外群基群超樹（英語：Supertree）
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