BLOSUM打分矩陣
BLOSUM打分矩陣是一種在生物信息學中用於序列對比的氨基酸替換打分矩陣。BLOSUM 是「blocks substitution matrix」的縮寫。它是目前常用的一種氨基酸替換打分矩陣。BLOSUM打分矩陣最早由 Steven Henikoff. 和 J.G Henikoff在他們的論文中被提出。其中，他們從BLOCKS數據庫中對那些在高度保守序列中的蛋白質家族進行觀察測量進而整理出了氨基酸替換的概率。他們繼續使用對數勝算來計算矩陣中的分值。與PAM打分矩陣相比，BLOSUM打分矩陣的內容皆由觀察得出。[1]在實際運用中，BLOSUM矩陣通常能獲得更好的結果。
軼聞
[編輯]目前最常使用的BLOSUM62矩陣被發現存在計算錯誤。然而這些計算錯誤卻使該矩陣在序列對比時的表現提高了[2]
引用來源
[編輯]- ^ Henikoff, S.; Henikoff, J.G. Amino Acid Substitution Matrices from Protein Blocks. PNAS. 1992, 89 (22): 10915–10919. PMC 50453
. PMID 1438297. doi:10.1073/pnas.89.22.10915.
- ^ Styczynski, M. P. (2008). BLOSUM62 miscalculations improve search performance [PDF]. Nature Publishing Group. (PDF). [2017-03-01]. （原始內容存檔 (PDF)於2019-02-15）.
