蛋白質資料庫

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數據格式	PDB
網站	www.wwpdb.org; www.pdbe.org; www.rcsb.org/pdb; www.pdbj.org;
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蛋白質資料庫（Protein Data Bank，簡稱PDB）是一個專門收錄蛋白質及核酸的三維結構資料的數據庫。由Worldwide Protein Data Bank監管。PDB可以經由網絡免費訪問，是結構生物學研究中的重要資源。為了確保PDB資料的完備與權威，各個主要的科學雜誌、基金組織會要求科學家將自己的研究成果提交給PDB。在PDB的基礎上，還發展出來若干依據不同原則對PDB結構數據進行分類的數據庫，例如GO將PDB中的數據按基因進行了分類。這些資料和數據一般是世界各地的結構生物學家經由X射線晶體學或NMR光譜學實驗所得，並釋放到公有領域供公眾免費使用。

歷史

PDB的歷史可以追溯到1971年，當時布魯克黑文國家實驗室的Walter Hamilton決定在Brookhaven建立這個數據庫。1973年Hamilton去世後，Tom Koeztle接管了PDB。1994年1月，以色列魏茨曼科學研究學院的Joel Sussman被任命為PDB負責人。在1998年10月，PDB被移交給了Research Collaboratory for Structural Bioinformatics(RCSB)，並與1999年6月移交完畢，新的負責人是羅格斯大學(Rutgers大學)（RCSB成員）的Helen M. Berman。2003年，PDB作為wwPDB的核心，成為了一個國際性組織。同時，wwPDB的其他成員，包括PDBe（歐洲）、RCSB（美國）、PDBj（日本）也為PDB提供了數據積累、處理和發布的中心。BMRB（英語：Biological Magnetic Resonance Data Bank）於2006年加入^[1]。值得一提的是，雖然PDB的數據是由世界各地的科學家提交的，但每條提交的數據都會經過wwPDB工作人員的審核與註解，並檢驗數據是否合理。PDB及其提供的軟件現在對公眾免費開放。

內容

PDB數據庫每週更新（UTC+0 星期三）。同樣，PDB館藏列表^[2]也每週更新一次。截至截至2017年3月14日 (2017-03-14)^[update]，現有統計信息如下：

實驗方法	蛋白質	核酸	蛋白質/核酸複合物	其他	總數
X射線晶體學	106595	1820	5471	4	113890
核磁共振	10296	1190	241	8	11735
電子顯微鏡	1021	30	367	0	1418
混合	99	3	2	1	105
其他	181	4	6	13	204
總數:	118192	3047	6087	26	127352

PDB中的103,514個結構具有結構因子文件。

9,057個結構具有NMR約束文件。

PDB中的2,826個結構具有化學位移文件。

PDB中的1,403個結構在EM Data Bank中存有3DEM地圖文件

這些數據表明大多數結構是由X射線衍射確定的，但是現在約10％的結構由蛋白質NMR確定。當使用X射線衍射時，獲得蛋白質原子坐標的近似值，而通過NMR實驗發現蛋白質原子對之間距離的估計值。因此，在後一種情況下，通過求解距離幾何問題（英語：Distance geometry problem）來獲得蛋白質的最終構象。一些蛋白質由低溫電子顯微鏡確定。（單擊原始表中的數字將顯示由該方法確定的結構示例。）

上述結構因子文件的意義在於，對於具有結構文件的由X射線衍射確定的PDB結構，可以查看電子密度圖。這些結構的數據存儲在「電子密度服務器」上^[3]^[4] 。

過去，PDB的結構數量以近似指數的速度增長，通過了1982年的100個註冊結構里程碑，1993年的1,000個，1999年的10,000個，以及2014年的100,000個^[5]^[6]。然而，自2007年以來，新蛋白質結構的積累速率似乎已經趨於穩定。

以下為PDB成員網站

參見

科學可視化

參考文獻

^ BMRB - Biological Magnetic Resonance Bank. [2014-01-02]. （原始內容存檔於2020-10-20）.
^ PDB Current Holdings Breakdown. RCSB. [2018-04-22]. （原始內容存檔於2007-07-04）.
^ The Uppsala Electron Density Server. Uppsala University. [2013-04-06]. （原始內容存檔於2021-03-21）.
^ Kleywegt GJ, Harris MR, Zou JY, Taylor TC, Wählby A, Jones TA. The Uppsala Electron-Density Server. Acta Crystallogr D. Dec 2004, 60 (Pt 12 Pt 1): 2240–2249. PMID 15572777. doi:10.1107/S0907444904013253.
^ Anon. Hard data: It has been no small feat for the Protein Data Bank to stay relevant for 100,000 structures. Nature. 2014, 509 (7500): 260. PMID 24834514. doi:10.1038/509260a.
^ Content Growth Report. RCSB PDB. [2013-04-06]. （原始內容存檔於2007-04-28）.

外部連結

（英文）PDB的官方網站（總站）（頁面存檔備份，存於網際網路檔案館），區域網站（下）
（英文）The Worldwide Protein Data Bank (wwPDB)— parent site to regional hosts (below)
- （英文）（頁面存檔備份，存於網際網路檔案館） (美國蛋白質結構數據庫)
- （英文）PDBe （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館） (歐洲蛋白質結構數據庫, PDBe: Protein Data Bank Europe)
- （英文）（中文）PDBj （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館）（日本蛋白質結構數據庫, PDBj: Protein Data Bank Japan)
- BMRB, Biological Magnetic Resonance Data Bank （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館） (USA)
wwPDB Documentation （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館） — documentation on both the PDB and PDBML file formats
（英文）Looking at Structures （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館） — The RCSB's introduction to crystallography
（英文）PDBsum Home Page （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館） — Extracts data from other databases about PDB structures.
（英文）Nucleic Acid Database, NDB （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館） — a PDB mirror especially for searching for nucleic acids
（英文）Introductory PDB tutorial sponsored by PDB
（英文）PDBe: Quick Tour on EBI Train OnLine （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館）

[1] BMRB - Biological Magnetic Resonance Bank. [2014-01-02]. （原始內容存檔於2020-10-20）.

[2] PDB Current Holdings Breakdown. RCSB. [2018-04-22]. （原始內容存檔於2007-07-04）.

[3] The Uppsala Electron Density Server. Uppsala University. [2013-04-06]. （原始內容存檔於2021-03-21）.

[Kleywegt2004-4] Kleywegt GJ, Harris MR, Zou JY, Taylor TC, Wählby A, Jones TA. The Uppsala Electron-Density Server. Acta Crystallogr D. Dec 2004, 60 (Pt 12 Pt 1): 2240–2249. PMID 15572777. doi:10.1107/S0907444904013253.

[5] Anon. Hard data: It has been no small feat for the Protein Data Bank to stay relevant for 100,000 structures. Nature. 2014, 509 (7500): 260. PMID 24834514. doi:10.1038/509260a.

[6] Content Growth Report. RCSB PDB. [2013-04-06]. （原始內容存檔於2007-04-28）.

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[6]

閱論編生物信息學
數據庫	測序數據庫：GenBank、European Nucleotide Archive（英語：European Nucleotide Archive）、日本DNA數據庫(DDBJ) 輔助數據庫：UniProt, database of protein sequences grouping together Swiss-Prot, TrEMBL 和蛋白質信息資源（英語：Protein Information Resource）其它數據庫：蛋白質資料庫, Ensembl, 和InterPro（英語：InterPro）專項基因組數據庫：酵母基因組數據庫（英語：Saccharomyces Genome Database）、FlyBase（英語：FlyBase）、VectorBase（英語：VectorBase）、PomBase、WormBase（英語：WormBase）、PHI-base（英語：PHI-base）、擬南芥信息資源（英語：The Arabidopsis Information Resource）與斑馬魚信息網（英語：Zebrafish Information Network）
軟件	BLAST Bowtie Clustal EMBOSS（英語：EMBOSS） HMMER（英語：HMMER） MUSCLE SAMtools（英語：SAMtools） TopHat（英語：TopHat (bioinformatics)）
其它	服務器：ExPASy（英語：ExPASy）本體論：基因本體
機構	歐洲生物信息研究所(EMBL-EBI) 歐洲分子生物學實驗室(EMBL) 美國國家生物技術信息中心（NCBI）瑞士生物信息學研究所（英語：Swiss Institute of Bioinformatics）日本國立遺傳學研究所博德研究所（英語：Broad Institute）維康桑格研究所斯克里普斯研究所(TSRI)
文件格式	FASTA格式 FASTQ格式斯德哥爾摩格式（英語：Stockholm format）
有關議題	計算生物學分子系統發生學測序序列比對
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