多重序列比對
多重序列比對（Multiple sequence alignment；MSA）是對三個以上的生物學序列（biological sequence），如蛋白質序列、DNA序列或RNA序列所作的序列比對。一般來說，是輸入一組假定擁有演化關係的序列。從MSA的結果可推導出序列的同源性，而種系發生關係也可引導出這些序列共同的演化始祖。如右圖般的視覺化敘述可描繪出各種突變事件，例如點突變的單格變化，或是如刪除突變與插入突變，可使各個序列之間產生鴻溝。MSA常用來研究序列的保守性，或是蛋白質結構域的三級結構與二級結構，甚至是個別的氨基酸或核苷酸。
參見
[编辑]外部連結
[编辑]- ExPASy sequence alignment tools （页面存档备份，存于互联网档案馆）
- Multiple Alignment Resource Page from the Virtual School of Natural Sciences
- Tools for Multiple Alignments from Pôle Bioinformatique Lyonnais
- Multiple sequence alignment lectures（页面存档备份，存于互联网档案馆） from the Max Planck Institute for Molecular Genetics
相關文獻
[编辑]- Duret, L.; S. Abdeddaim. Multiple alignment for structural functional or phylogenetic analyses of homologous sequences. D. Higgins and W. Taylor (编). Bioinformatics sequence structure and databanks. Oxford: Oxford University Press. 2000.
- Notredame, C. Recent progresses in multiple sequence alignment: a survey. Pharmacogenomics. 2002, 31 (1): 131 –– 144.
- Thompson, J. D.; F. Plewniak and O. Poch. A comprehensive comparison of multiple sequence alignment programs. Nucleic Acids Research. 1999, 27 (13): 12682––2690.
- Wallace, I.M.; Blackshields G and Higgins DG. Multiple sequence alignments. Curr Opin Struct Biol. 2005, 15 (3): 261–6.