AMBER力场
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| 原作者 | Peter Kollman, David Case, Tom Cheatham, Ken Merz, Adrian Roitberg, Carlos Simmerling, Ray Luo, Junmei Wang, Ross Walker |
|---|---|
| 開發者 | UCSF |
| 首次发布 | 2002年 |
| 编程语言 | C, C++, Fortran 95 |
| 操作系统 | Windows, OS X, Linux, Unix, CNK |
| 平台 | x86, Nvidia GPU, Blue Gene |
| 文件大小 | 视情况 |
| 语言 | 英语 |
| 类型 | 分子动力学 |
| 许可协议 | Amber: 专有软件 AmberTools: GPL, 公有领域, 其它开源软件 |
| 网站 | ambermd |
AMBER力场是在生物大分子的模拟计算领域有着广泛应用的一个分子力场。开发这个力场的是Peter Kollman课题组，最初AMBER力场是专门为了计算蛋白质和核酸体系而开发的，计算其力场参数的数据均来自实验值，后来随着AMBER力场的广泛应用，包括Kollman在内的很多课题组对AMBER力场的内容不断进行丰富，逐渐开发出了一个可以用于生物大分子、有机小分子和高分子模拟计算的力场体系。但是总体来讲，AMBER力场的优势在于对生物大分子的计算，其对小分子体系的计算结果常常不能令人满意。
AMBER力场的势能函数形势较为简单，所需参数不多，计算量也比较小，这是这个力场的一大特色，但也在一定程度上限制了这个力场的扩展性。本力场用谐振子模型计算键长伸缩能和键角弯转能，用傅立叶级数的形式来描述二面角扭转能，选用Lennard-Jones势来模拟范德华力；用库仑公式来描述静电相互作用，其势能表达式为[1]：
![{\displaystyle V_{(r^{N})}=\sum _{bonds}{\frac {1}{2}}k_{b}(l-l_{0})^{2}+\sum _{angles}{\frac {1}{2}}k_{a}(\theta -\theta _{0})^{2}+\sum _{torsions}{\frac {1}{2}}V_{n}[1+cos(n\omega -\gamma )]+\sum _{j=1}^{N-1}\sum _{i=j+1}^{N}\left\{4\epsilon _{i,j}\left[\left({\frac {\sigma _{ij}}{r_{ij}}}\right)^{12}-\left({\frac {\sigma _{ij}}{r_{ij}}}\right)^{6}\right]+{\frac {q_{i}q_{j}}{4\pi \epsilon _{0}r_{i}j}}\right\}}](https://wikimedia.org/api/rest_v1/media/math/render/svg/1580b13eb27ce6d51d5261d2ba20e46288985ada)
现在有很多主流计算软件包应用了AMBER力场，其中除了Kollman课题组开发的AMBER软件之外，还有Insight II、Sybyl、Cerius2、MOE和HyperChem等。
参见
[编辑]参考资料
[编辑]- ^ Cornell WD, Cieplak P, Bayly CI, Gould IR, Merz KM Jr, Ferguson DM, Spellmeyer DC, Fox T, Caldwell JW, Kollman PA. A Second Generation Force Field for the Simulation of Proteins, Nucleic Acids, and Organic Molecules. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117: 5179–5197. doi:10.1021/ja00124a002.
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